Das Dorf ist zehn Kilometer von Chiasso entfernt und liegt an der italienischen Grenze. Die Gemeinde umfasst die Fraktionen Gaggiolo, Santa Margherita und San Pietro.

Die Nachbargemeinden sind am Norden Clivio (IT-VA), am Osten Mendrisio, am Süden Bizzarone (IT-CO), Rodero (IT-CO) und am Westen Cantello (IT-VA).

Das Dorf war schon in der Römerzeit bewohnt. Sein Name ist abgeleitet aus dem lateinischen Wort für Stall stabulum. Grabungen im Gebiet von San Pietro belegen eine Siedlungskontinuität von ca. 400 vor Christus bis ins 7. Jahrhundert. Auf die Bestattungen aus der Eisenzeit folgen ein Gräberfeld und herrschaftliche Siedlungsstrukturen aus der Römerzeit, Spuren des Merkurkults und zahlreiche langobardische Gräber. 1999 wurden die reichhaltigen Grabbeigaben eines langobardischen Kriegers entdeckt.

1181 trat die Familie Orelli von Locarno die Zehntrechte in der Region dem Bischof von Como ab. 1275 besassen unter anderem die Benediktinerabteien Sant'Abbondio in Como und Sant’Ambrogio in Mailand Güter und Rechte in Stabio. Kirchlich gehörte Stabio zum Vikariat Mendrisio, von dem es sich vor 1575 trennte.

Am 22. Oktober 1876 ereigneten sich in Stabio schwere Ausschreitungen zwischen Konservativen und Liberalen, die drei Todesopfer forderten (sogenannte Schiesserei von Stabio) und zu einer eidgenössischen Intervention führten.

Im September 1943 sind viele italienische Flüchtlinge über die Gaggiologrenze in der Schweiz gekommen.

Im Oktober 2019 wurde der Japankäfer in Stabio entdeckt. Mit dem Ziel dessen Ausbreitung zu verhindern, wurde eine Ausfuhrsperre für Erde und Pflanzenteile aus der betroffenen Gegend erlassen